在医院中通常是用作注射前的皮肤擦拭，手术前工具的擦拭消毒，新生儿剪肚脐时也可用酒精棉消毒。中医拔罐也用到酒精棉，蘸上95%的乙醇后，点燃酒精棉后可以用于拔罐，洁净无污染而且方便。
除了在医院用到外，在生活中它也发挥了很大的用途。最简单的是用来清创和防感染之用了。如不小心擦伤或割破了皮肤，可以先用酒精棉片在伤口周围的皮肤上擦拭一下，然后在贴上创可贴，这样既保险又舒适，防止了细菌的入侵。青春期脸上可能会长痘痘，这时随身携带几片酒精棉片，经常擦拭一下皮肤，既清除了不适，而且可以防止因用手去抓而引起的交叉感染。打了耳洞后容易引起耳朵发炎，早晚一擦很快就消炎了。
也可用于高级灯具的清洁，电子产品贴膜时的擦拭除尘，擦拭后酒精挥发，无残留。