复旦大学附属肿瘤医院是教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府共建托管单位，建院于1931年3月1日，是我国成立最早的，集医、教、研、防为一体的三级甲等肿瘤专科医院。目前医院设有徐汇院区、浦东院区两个院区，并与紧邻的上海市质子重离子医院（复旦大学附属肿瘤医院质子重离子中心）高度融合、共同发展。医院设有26个临床医技科室，员工总数2533人，正、副教授320人；博士生导师63人，硕士生导师83人。
医院拥有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、病理学）、国家临床重点专科3个（肿瘤科、病理科、中西医结合科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学）、教育部创新团队1个（乳腺癌的基础和临床研究）、上海市临床医学中心3个（肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌）、上海市重中之重临床医学中心1个（上海市恶性肿瘤临床医学中心）、上海市重中之重临床重点学科1个（胸外科）、上海卫生重点学科1个（病理学）、上海市临床重点专科项目5个（肿瘤学、病理学、放射治疗学、妇科肿瘤学、胸部肿瘤学），同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室、上海市分子影像探针工程技术研究中心、上海质子重离子放射治疗工程技术研究中心和上海市胰腺肿瘤研究所，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构，成立王红阳院士工作站，新建复旦大学附属肿瘤医院精准肿瘤中心，持续推进国家疑难病症诊治能力提升工程项目。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》、英文版《Precision Cancer Medicine》4本学术期刊，以及《抗癌》科普杂志，努力打造肿瘤精准医学期刊的高地。